Fakultas Syariah merupakan salah satu dari Fakultas yang bernaung di bawah IAIN Kendari. Sebelum berdiri menjadi Fakultas Syariah IAIN Kendari, Fakultas Syariah merupakan sekolah yang berdiri sejak tanggal 4 Maret 1967. Setelah terbentuknya Yayasan Pembimbing dan Pembina Perguruan Tinggi Agama Islam yang diketuai oleh Kolonel Edy Sabara, Gubernur pertama Sulawesi Tenggara. Berdasarkan Keputusan Presiden nomor 9 tahun 1987 tentang pengukuhan fakultas-fakultas di lingkungan IAIN Alauddin menjadi fakultas madya (negeri). Perkembangan selanjutnya, dengan adanya kebijakan pemerintah menjadikan fakultas- fakultas di luar induk menjadi sekolah tinggi yang berdiri sendiri, maka pada tanggal 21 Maret 1997 Fakultas Syariah IAIN Alauddin di Kendari resmi berubah status kelembagaannya menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Kendari yang ditandai dengan keluarnya Keputusan Presiden RI Nomor 11 tahun 1997 tentang pendirian Sekolah Tingi Agama Islam Negeri Kendari. Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Kendari dipimpin oleh seorang ketua dan dibantu oleh 3 (tiga) pembantu ketua. Fakultas Syariah saat itu masih dengan status Jurusan Syariah yang memiliki 3 Program Studi yaitu Ahwal Al-Syaksiyah, Prodi Muamalah dan Program Studi Ekonomi Islam. Berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 145 Tahun 2014 tentang Perubahan STAIN Kendari menjadi IAIN Kendari serta Peraturan Menteri Agama Nomor 09 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Kendari maka resmilah STAIN Kendari beralih status menjadi IAIN Kendari yang diresmikan langsung oleh Menteri Agama RI Bapak Lukman Hakim Saifuddin pada tanggal 7 Maret 2015. Dr. Nur Alim, M.Pd., diangkat menjadi Rektor Pertama.
Peralihan Status STAIN ke IAIN Kendari, maka mengubah Struktur Lembaga di Fakultas Syariah. Fakultas Syariah melepas program studi Ekonomi Islam menjadi Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam. Dan menambah 1 program studi baru yaitu Hukum Tata Negara (HTN). Sehingga sampai saat ini Fakultas Syariah terdiri dari tiga program studi, yaitu Ahwal al Syaksiyah, Program Studi Hukum Ekonomi Syariah (Muamalah) dan Program Studi Hukum tata Negara.